Dostęp Otwarty

Analiza polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych genomowego DNA z wykorzystaniem elektroforezy pulsacyjnej

Analiza polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych genomowego DNA z wykorzystaniem elektroforezy pulsacyjnej (PFGE) jest jedną z metod najczęściej wykorzystywanych w typowaniu epidemiologicznym, a jej głównymi zaletami są wysoka rozdzielczość, powtarzalność, możliwość oceny pokrewieństwa między szczepami oraz porównywania wyników między różnymi ośrodkami. Otrzymane wzory PFGE porównuje się i określa ich typy zgodnie z kryteriami zaproponowanymi przez Tenovera i wsp. Szczepy uznaje się za blisko spokrewnione, jeśli między wzorami występuje różnica najwyżej trzech prążków, zalicza się je wówczas do tego samego podtypu.49,50

Sekwencjonowanie MLST

Metoda MLST (multilocus sequence typing) stosowana jest do typowania wielu gatunków bakterii zarówno Gram-dodatnich, jak i Gram-ujemnych. Została opracowana na bazie stosowanej na szeroką skalę metody typowania MLEE (multilocus enzyme electrophoresis). W metodzie tej w miejsce badania ruchliwości elektroforetycznej izoenzymów cytoplazmatycznych wykonuje się sekwencjonowanie wewnętrznych fragmentów genów, które kodują te enzymy. Dzięki stworzeniu internetowej międzynarodowej bazy danych MLST metoda ta umożliwia nie tylko porównywanie izolatów między sobą, ale także charakterystykę szczepów szczególnie niebezpiecznych o zasięgu międzynarodowym oraz monitorowanie epidemiologiczne. Metodę tę cechuje wysoka czułość i powtarzalność, ale jej stosowanie jest wciąż ograniczone, wymaga bowiem wykwalifikowanego personelu i bardzo kosztownego sprzętu.51-53

Sekwencjonowanie wybranych genów

W typowaniu izolatów opartym na sekwencjonowaniu DNA obok techniki MLST coraz częściej wykorzystywane są dodatkowo sekwencje nukleotydowe różnych genów kodujących czynniki zjadliwości czy inne ważne białka badanych patogenów bakteryjnych.54

Inne metody diagnostyczne bakteryjnych ZOMR

W ostatnich latach pojawia się coraz więcej doniesień na temat przydatności oznaczania różnych cząsteczek w diagnozowaniu bakteryjnych ZOMR. Jedną z nich jest opisana przez Guiddir i wsp. lipokaina 2, której stężenie było istotnie wyższe u chorych z bakteryjnym ZOMR (średnio 125 pg/ml, zakres 106-145 pg/ml) niż u pacjentów z wirusowym ZOMR (średnio 2 pg/ml, zakres 0-6 pg/ml). Podwyższone stężenie lipokainy 2 wykazywało 81% czułość, 93% swoistość, 96% dodatnią wartością predykcyjną i 71% ujemną wartością predykcyjną.55 Obserwacje te zostały także potwierdzone w innych badaniach.56

Lv i wsp. wnioskują, że TNF-α w PMR może być przydatny do różnicowania ZOMR bakteryjnych z wirusowymi (czułość 83%, swoistość 92%).57 Natomiast Takahashi i wsp. opisują przydatność oznaczania interleukiny 6 w PMR w różnicowaniu bakteryjnych i innych ZOMR.58 Konstantinidis i wsp. oraz Ray i wsp. wykazali, że oznaczanie prokalcytoniny w PMR i w surowicy może być dobrym markerem bakteryjnego ZOMR.59,60

Podsumowanie

Mimo możliwości leczenia bakteryjnych ZOMR antybiotykami, nadal cechują się one znaczną zachorowalnością i śmiertelnością zarówno w krajach wysoko, jak i nisko rozwiniętych. W szczególnie trudnej sytuacji są lekarze, którzy jako pierwsi stykają się z pacjentem z podejrzeniem ZOMR. Badanie fizykalne często nie jest wystarczające, a podstawową metodą diagnostyczną pozostaje badanie PMR. Żadna z dostępnych metod identyfikujących patogeny wywołujące ZOMR nie jest w 100% swoista ani czuła, ale wykorzystanie kilku metod znacznie zwiększa prawdopodobieństwo znalezienia czynnika etiologicznego, co powinno przełożyć się na skuteczniejsze leczenie i mniejsze ryzyko powikłań.